Zunächst einmal hallo und willkommen im FragDenStaat/OKFN-Forum. 
Auf jeden Fall ein interessanter und geradezu lustiger Fall.
Insbesondere, da du ja sogar Gebühren dafür bezahlt hast
Aber abgesehen davon übrigens, sehr gut argumentiert im Allgemeinen und hartnäckig geblieben! 
Was du auf jeden Fall machen kannst, ist um Vermittlung beim BfDI bitten,.
Wenn sie das Dokument nicht finden können, weil sie sich in ihren Akten nicht zurecht finden, ist das nicht dein Problem. Es gab da zB ein BVerfG-Urteil (unten in dem Beitrag), welches du mit zitieren könntest bzgl. der Aktenführung. Wobei es in deinem Fall ja weniger um Aufwand, als um das Finden des Dokumentes überhaupt geht…
Nebenbei nur der Hinweis, dass du die Widerspruchsfrist natürlich schon überschritten hast, mit der Anfrage also nicht wirklich rechtlich gegen die Behörde vorgehen kannst.
Du könntest natürlich die Anfrage nochmal stellen, evt. auch nur eine Anfrage zu den fehlenden zwei Dokumenten. Sie können sie ja kaum ablehnen, nur weil sie die Dokumente „verschlampt“ haben. 
Aber vlt. haben andere in diesem Forum noch mehr Ideen…
PS: Du kannst die Dokumente alle auch auf FragDenStaat online schwärzen – so musst du keine Papierschnipsel hinlegen zum Abdecken.
Disclaimer: Wie immer stellt dies keine Rechtsberatung, sondern nur meine persönliche Ansicht/Idee/Vorgehensweise dar. IANAL.
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