Meine persönliche Meinung dazu:
Grundsätzlich löst jeder Auftrag (= Antrag) an die Verwaltung Arbeit und somit Kosten aus. Schon von der Formulierung der Frage her hätte es mich überrascht, wenn das als einfache Auskunft durchgegangen wäre. Die Behörde hat dir daraufhin widersprochen und geschrieben, dass Gebühren anfallen. Du hast den Antrag daraufhin nicht zurückgenommen, sondern durch deinen Antrag auf Prüfung der Gebührenfreiheit (der wieder Arbeit und Kosten ausgelöst hat) in meinen Augen konkludent einer Weiterbearbeitung zugestimmt. Allerdings hast du keine Ausnahmetatbestände angeführt (also Gründe, warum die in den Genuss der Gebührenbefreiung kommen solltest).
Dementsprechend hat die Behörde den Antrag auf Gebührenfreiheit abgelehnt und dir entsprechende Verwaltungskosten berechnet.
Diese sind zudem nur anteilig, also nicht kostendeckend, berechnet und für die Prüfung von, wie du selbst schreibst knapp 400 Seiten mit teilweiser Schwärzung von Personendaten / Geschäftsgeheimnissen, sogar ausgesprochen günstig und bürgerfreundlich kalkuliert.
In meinen Augen hast du durch die explizit nicht erfolgte Rücknahme des Antrags und stattdessen Stellen eines Folgeantrags konkludent einer Weiterbearbeitung zugestimmt. Die Behörde scheint das auch so zu sehen. In der Rechtsprechung ist dies zumindest umstritten, sodass dein Widerspruch ggf. Erfolg haben könnte, im worst case kommen eben noch mal 15-30 Euro für das Widerspruchsverfahren dazu.